Năm thứ 4 (1865), Tằng Quốc Phiên làm đốc sư tiễu diệt quân Niệp mới, chủ yếu dùng Hoài quân. Minh Truyền điều quân đồn trú Tế Ninh, chia giữ các nơi Lục An, Hoắc Sơn...; đây là ông ngầm tiếp nhận mệnh lệnh của Tăng Quốc Phiên, Lý Hồng Chương, án binh bất động để bảo tồn thực lực, bỏ mặc kỵ binh Mông Cổ của Tăng Cách Lâm Thấm khổ chiến với quân Niệp. Sau khi Tăng Cách Lâm Thấm tử trận, triều đình nghiêm trách Tăng Quốc Phiên, cách chức lưu nhiệm Minh Truyền. Tháng 11, Minh Truyền dời đến Chu Gia Khẩu [14], lần lượt phá nghĩa quân ở trấn Ngõa Điếm [15], trấn Nam Đốn [16], huyện Phù Câu.

Tháng 3 năm thứ 5 (1866), Minh Truyền cứu viện Hồ Bắc, đánh hạ Hoàng Pha, truy kích đến Dĩnh Châu, đánh cho nghĩa quân đại bại , nhờ vậy mà được phục chức. Minh Truyền cho rằng đuổi đánh nghĩa quân trên đồng bằng thì khó thành công, đề nghị đắp đê ngăn kỵ binh, từ Hà Nam đến Vận Hà thuộc Sơn Đông, dồn Niệp quân về phía nam Sa Hà. Tháng 9, vòng vây vừa khép thì nghĩa quân đã đột phá phòng tuyến Sa Hà của quan quân Hà Nam. Hoài quân chia ra truy kích, Minh Truyền đánh bại nghĩa quân ở Cự Dã. Sau khi chạy đến Trung Mưu, Niệp quân chia làm hai nhánh Đông – Tây: Trương Tông Vũ [17] đi Thiểm Tây; Nhâm Trụ, Lại Văn Quang ở lại Sơn Đông. Sau khi Tằng Quốc Phiên nhận lỗi để nghĩa quân chạy thoát phải từ chức, triều đình lấy Lý Hồng Chương thay thế. Hồng Chương nhân đó mở rộng Hoài quân, từ 4 vạn người lên đến 7 vạn – có 28 doanh, hơn 7000 chiến mã; trong đó, đội quân của Minh Truyền (lúc này quen được gọi là Minh quân) là chủ lực, được biên chế lại cho phù hợp với chiến thuật lưu động hơn – có 13 doanh, hơn 3500 chiến mã. Minh Truyền chuyên tiễu Đông Niệp, đông đến Vận Thành, tây đến Kinh Sơn, lớn nhỏ mấy chục trận.

Mùa xuân năm thứ 6 (1867), Lý Hồng Chương của Hoài quân bàn bạc Tăng Quốc Thuyên của Tương quân cùng đánh nghĩa quân ở sông Doãn Long [18]. Minh Truyền hẹn với Bào Siêu vào đầu giờ Ngọ ngày 15 tháng giêng thì tấn công; nhưng Minh quân đến trước, bị quân Đông Niệp đánh bại, các tướng Đường Điện Khôi, Điền Lý An tử trận, Minh Truyền ngã ngựa, suýt nữa rơi vào tay địch; may nhờ Bào Siêu đến kịp, chuyển bại thành thắng, đập tan nghĩa quân. Trận này Minh Truyền rõ là muốn tranh công nên đánh trước, kết quả thất bại, 2 cánh tả, trung quân của Minh quân thiệt hại nặng nề, nhưng ông đổ hết lỗi lầm cho bộ tướng Lưu Thịnh Tảo "liều lĩnh khinh địch" và Bào Siêu chậm trễ phối hợp tác chiến. Lý Hồng Chương cứ thế tâu lên, triều đình thay vì thưởng công thì lại khiển trách Bào Siêu, khiến cho ông ta uất ức, xưng bệnh bỏ về quê nhà, không quay lại nữa. Việc này gây ra mối hiềm khích khôn nguôi giữa Minh Truyền với Tương quân, đào sâu mối bất hòa sẵn có giữa Hoài quân và Tương quân. Sau khi dừng quân ở Tín Dương để chỉnh đốn, Minh Truyền tiếp tục truy kích nghĩa quân đến Sơn Đông. Lại kiến nghị dựng rào từ Vận Hà đến Giao Lai Hà, hòng vây khốn nghĩa quân, dồn họ về phía tây. Khi ấy quan quân – nghĩa quân đều mệt mỏi, triều đình lại hối thúc, Lý Hồng Chương dựa cả vào Minh Truyền. Tháng 8, giải vây Thuật Dương. Sau đó giao chiến ở Cám Du, nhờ nội ứng mà bắn chết Nhiệm Trụ, khiến nghĩa quân tan chạy. Đón đánh quân Niệp ở huyện Duy [19], Thọ Quang, ép vào khoảng giữa Dương Hà, Di Hà, tiêu diệt gần sạch. Lại Văn Quang chạy đến Dương Châu thì bị bắt, quân Đông Niệp bị dẹp. Tằng Quốc Phiên, Lý Hồng Chương báo tiệp, luận công đặt Minh Truyền đứng đầu; ông được ban thế chức Tam đẳng Khinh xa đô úy. Minh Truyền lấy cớ tích lao thành tật, xin rời quân đội; đây là ông ngầm oán trách triều đình thưởng bạc.

Mùa xuân năm thứ 7 (1868), Trương Tông Vũ bất ngờ xâm phạm khu vực phụ cận kinh thành, triều đình vội vã khởi dụng Minh Truyền, còn khiển trách ông chậm chạp. Minh Truyền gấp đến Đông Xương, hội họp với các cánh quân tiến đánh Diêm Sơn, Thương Châu [20], Đức Bình [21]; tiếp tục dùng kế sách vây diệt, dồn nghĩa quân về phía đông Vận Hà, từ nhiều hướng hợp kích, gần như giết sạch quân Tây Niệp. Trương Tông Vũ chạy đến Trì Bình rồi mất tích, khởi nghĩa Niệp quân cáo chung; Minh Truyền được phong Nhất đẳng nam tước. Có chiếu sai Minh Truyền đồn trú ở trấn Trương Thu [22].